明朝时期，在1368〜1421年间，先后有明太祖朱元璋、建文帝朱允炆、明成祖朱棣定都南京。1421年，明成祖迁都北京后，南京称作留都或南都，地位仅次于北京。此时，中国丝织业以南京、苏州、杭州三地为中心，产品最负盛名。明朝政府在南京设有“内织染局”（又称“南局”）“神帛堂”、“供应机房”，专门管理云锦的生产。当时在内桥与聚宝门（今中华门）之间是织锦工匠的聚居之地，设有织锦一坊、织锦二坊和织锦三坊。明朝南京的云锦织造工艺日趋成熟和完善，以大提花楼机生产皇室和达官贵族专用的衣袍和室内铺陈用品，把辽、金、西夏、蒙元贵族喜爱的织金技艺与中原传统的织彩技艺融为一体，创造出“妆花”工艺，使云锦既具有北方之“壮美”，又具有南方之“秀美”，其豪华富丽，为锦中之冠。明末文人吴梅村《望江南》词赞美道：“江南好，机抒夺天工。孔雀妆花云锦烂，冰蚕吐凤雾绡空，新样小团龙。”但南京云锦仍然是皇室和官僚贵族的奢侈品。1958年，在北京十三陵定陵中出土的明朝万历皇帝的“织金孔雀羽妆花纱龙袍”，以及写着“南京供应机房织造”等字样的织金和妆花锦缎，堪称是云锦中的极品。它们与1977年在南京太平门外板仓村明朝中山王徐达五世孙、魏网公徐俌夫妇的合葬墓中出土的素缎地麒麟补袍服（这件袍服胸前的官补用织金方法织成）均是南京云锦珍贵的实物资料。

江南的丝织，特别是南京的织金丝织物，真正的大发展是在明清两代。明代丝织已进入盛期，而南京处在制高点上。朱元璋早在明代建立的前一年（1367年）就在南京设立了“尚染局”（内织造局）；洪武年间，又先后设立了“神帛堂”和“供应机房”，分别织造皇帝的龙衣、祭服和宫中所用的各种彩锦。另外还有一家“南京工部织染所”，不知与“后湖织造局”是否是一家机构。

什么样的织锦才称为云锦呢？首先，云锦不是单一的品种。云锦有着漫长的发展史，从元代的织金锦品种，明代的妆花缎品种，清代的金宝地品种、库锦库缎品种，到民国的芙蓉妆，解放后的金银妆等。云锦不断地丰富发展并在发展过程中吸收了同时期其他织锦的精华，产生出多种组织结构尤其是以复杂的重纬结构为代的一系列品种的组合体。其二，云锦具有地域性。在元朝南京有官办的东织染局、西织染局。明朝南京有中央属性的内织染局、神帛堂和供应机房。清朝更有为皇宫生产特殊织物的江宁织造府（局）。同时期在当地民间还有更多的人员从事丝织行业，民间丝织业产量一度占整个南京丝织产量的98%以上，丝织业发展成为当时南京经济的支柱产业，所生产的各类丝织品中高档提花织锦类被称为南京云锦。其三，从丝织物的分类来说，云锦属于先染丝后织造的提花熟织纬锦。晚清以来南京民间丝织生产划分为“花”和“素”两个行业，其中“花业”即提花熟织物的织造，也称“云锦业”。其四，因为云锦常作为皇家御用和赏赐用品，其用料不惜成本，以各种规格的染色蚕丝线为经纬原材料，并配以真金圆金线（捻金线）、圆银线（捻银线）或扁金线（片金线）、扁银线（片银线）或特殊金线作重要的纬向材料之一，个别高档品种还采用动物羽毛捻线来作挖花显色的纬线。其五，采用传统织造设备。云锦应该是在传统木质花楼提花织机上，由拽手提花、织手穿纬，双人配合手工织造而得来。其六，采用传统织造工艺。典型的云锦品种提花工艺是由花本存储并释放提花信息，束综（大扦）提起经线形成花部开口，织入纹纬，并由障框（伏综）压出纹部间丝点；由范框（起综）提起部分经线织入地纬形成地组织的组合式开口系统来完成的。其七，云锦组织结构比较复杂。云锦可以由单经或重经构成，但纬向必定含有地纬和纹纬劈组纬线（简单的库缎、闪缎品种除外），并符合纹纬配合传统提花概念，其中地组织较为简单，花组织较为复杂，花地组织配合完美。其八，云锦织物图案的艺术性和配色规律具有独特的美感。传统云锦图案取材丰富，常用金线包边，以线条构图并填以色块，色块内晕色过渡，色块间色彩对比强烈；云锦图案寓意含蓄，“有图必有意，有意必吉祥”，成为我国宫廷皇室文化和吉祥文化的组成部分。综上可知，传统云锦是指南京地区生产的具有特定图案艺术和用色规律的由传统花楼织机和提花工艺生产的多数使用蚕丝、金线等高档原材料的具有多种组织结构的熟织丝织纬锦。

明代的官营织造，虽然单位多、分布地区广，但经营捜括的重心则在江南，并以南京、苏州、杭州三地为重点。两京织染和设在南京的神帛堂与供应机房，都是属于中央系统管辖的。

明代的官营织造，经营单位之多，分布地区之广，规模之庞大，是前所罕见的。从经营体制分，有属中央系统的，有属地方系统的。《明史》卷八二“食货六”记：“明制，两京织染内外皆置局。内局以应上供，外局以备公用。南京有神帛堂、供应机房，苏、杭等府亦各有织染局，岁造有定数。”另据《大明会典》记，分设在浙江、南直隶等八省各府者，有22处织染局。嘉靖七年（1528)后，约有四省计19处。

元、明、清三朝先后在南京设立过“以官领之，以授匠作”的中央性质的织造机构。元朝有“东织染局”、“西织染局”，明朝有“内织染局”、“神帛堂”、“供应机房”，清朝有“江宁织造局”。三朝织局生产了大量的丝织精品，它们主要用于御用、官用和赏赐等方面。后来，清代织局为北方少数民族上层提供的“应用俸缎”和官营的“贸易缎匹”需求量极大，大多数年份每年生产的匹料数都以千万计。高档云锦具体用于皇帝龙袍、皇后凤衣、霞披、嫔妃的丽装靓服、宫廷装饰及坐、褥、靠垫、枕被等富含艺术品位的实用品。一时间文武官员的章服补子等也离不开云锦。云锦有时还作为朝廷礼品，馈赠外国君主和使臣以及赏赐大臣和有功之人。御用云锦尤其是龙衣龙袍的制作要求十分苛刻，织局为尽善尽美完成织造任务，尽一切可能在工艺、技术、用料和艺术上力求精益求精，因此客观上对云锦生产技术的改进和提高起到了积极作用。历代织局在用人模式上从元代严格的匠籍制发展为清代的买丝招匠制度，匠人获得了相对的人身自由，生产积极性有所提高，这也是云锦品种多、产量高的因素之一。