明朝时期，在1368〜1421年间，先后有明太祖朱元璋、建文帝朱允炆、明成祖朱棣定都南京。1421年，明成祖迁都北京后，南京称作留都或南都，地位仅次于北京。此时，中国丝织业以南京、苏州、杭州三地为中心，产品最负盛名。明朝政府在南京设有“内织染局”（又称“南局”）“神帛堂”、“供应机房”，专门管理云锦的生产。当时在内桥与聚宝门（今中华门）之间是织锦工匠的聚居之地，设有织锦一坊、织锦二坊和织锦三坊。明朝南京的云锦织造工艺日趋成熟和完善，以大提花楼机生产皇室和达官贵族专用的衣袍和室内铺陈用品，把辽、金、西夏、蒙元贵族喜爱的织金技艺与中原传统的织彩技艺融为一体，创造出“妆花”工艺，使云锦既具有北方之“壮美”，又具有南方之“秀美”，其豪华富丽，为锦中之冠。明末文人吴梅村《望江南》词赞美道：“江南好，机抒夺天工。孔雀妆花云锦烂，冰蚕吐凤雾绡空，新样小团龙。”但南京云锦仍然是皇室和官僚贵族的奢侈品。1958年，在北京十三陵定陵中出土的明朝万历皇帝的“织金孔雀羽妆花纱龙袍”，以及写着“南京供应机房织造”等字样的织金和妆花锦缎，堪称是云锦中的极品。它们与1977年在南京太平门外板仓村明朝中山王徐达五世孙、魏网公徐俌夫妇的合葬墓中出土的素缎地麒麟补袍服（这件袍服胸前的官补用织金方法织成）均是南京云锦珍贵的实物资料。