明初，随着军事上卫所屯田制的设立和稍后设置的都指挥使司、布政使司和提刑按察使司的设置，贵州正式建立行省，不但大大加强了贵州与中央王朝的联系，也使贵州经济得到了较大的发展。大量荒地被垦殖出来，使许多民族地区出现了“下至横麓、上至危巅”的层层梯田。开垦的面积达到了前所未有的高度，仅明代的卫所屯田，开垦的土地面积就达100多万亩。许多地区由“夷多汉少”演变为“汉多夷少”的民族构成格局。这一时期，是汉民族文化对贵州稻作农耕文化影响极其重大的时期。清代初期，由于统治者“轻徭薄赋、兴修水利、奖励农桑”的政策，贵州农业生产在明代的基础上，又向前迈了一大步，无论是种植面积、作物种类，还是单位面积产量等方面都有了显著的提高。身处贵州这种大环境中的水族稻作农业获得了历史上的第二次高速发展时期。

应该承认，魏晋之后，贵州许多地区处在经制州和羁糜州的控制之下，中央王朝对贵州少数民族地区维持的关系比较松散，许多地方都处在土司的控制下。正是在这种相对封闭又相对独立的“小国寡民”社会里，由于缺少与外界接触的机会，才使“夷多汉少”的贵州稻作农耕文化得以按照汉代形成的模式，长期传承和缓慢发展。在据有了贵州所有的江河流域的河谷、山间平地和坝子之后，受到水资源利用的启发，在人口压力作用下，人们逐渐沿着水源丰富的山麓拾级而上，开发出层层梯田，以保证众多人口对于食物的基本需求。有必要指出：隋唐以后的许多汉文史籍中所记载的“不以牛耕、收谷甚少”，“食不足则猎野兽”的情形，应该是对操持其他生计类型的民族或正在由其他经济类型向稻作农耕转型的民族的一种描述，而非针对“稻作农耕”文化本身。

不可否认，稻作农耕文化的生计方式，在今天的贵州大地上，形成了范围广阔的大面积连片分布，使因注重水源涵养而形成的生态保护观念以及对低洼平旷地带的高度估价与开发利用原则，打破了原有的民族界线，进而成为整个操持稻作农耕文化类型的汉、苗、布依、侗、水、土家、仡佬、壮、仫佬、毛南、畲等许多民族共同的土地经营理念。精耕细作，男耕女织是人们共同的生活特点，整个稻作农耕文化区，因此而具有较为一致的文化景观。然而，由于历史进程中，不同民族在文化传承过程中各自标示体系作用，使这些民族的不同文化在极大地丰富贵州稻作农耕文化内涵的同时，标示体系的不同，又使各个民族保存和发展了各自的民族文化。这正是稻作农耕文化的包容性，这种包容，不但使稻作农耕文化获得了极大的生存空间，也形成了今天贵州绚丽多彩的民族文化格局。