对苗瑶语作了大量的比较研究，揭示它们的结构特点和共同规律。张琨先生的《苗傜语声调问题》（1944）、《苗瑶语声调系统》（1953）、《原始苗瑶语声调构拟》（1972）三篇文章专门讨论了苗瑶的声调问题，构拟出古苗瑶语的声调有四类，并论述了声母的清浊与否、送气与否、带鼻冠与否都与后来声调的分化有关系。陈其光教授的《苗瑶语人声的发展》（1979）补充说明了苗瑶声调的分化发展不仅与声母有关，还与韵母有关；他的《古苗瑶语鼻冠闭塞音声母在现代方言中反映形式的类型》（1984）、《汉语苗瑶语同源例证》（1980）、《苗瑶语前辍》（1983）、《苗瑶语词汇的一种发展方式》（2000）等都是这方面的重要文章。王辅世的《苗瑶语的系属问题初探》（1986）主张苗瑶语属于汉藏语系，以充分的例证驳斥了国外把苗瑶语列入孟高棉语或澳泰语系的观点。邓方贵先生的《现代瑶语浊声母的来源》（1983），讨论了勉语浊声母的不同来源。邓方贵、盘承乾的《从瑶语论证上古汉语复辅音问题》（1990）从瑶语现存的pl、phl、bl、kl、khl、gl两套复辅音声母与汉语的对应关系来论证古汉语也是存在复辅音的，这篇独特的论文给人们留下很深刻的印象。王辅世、毛宗武的《苗瑶语古音构拟》（1995）对古苗瑶语的声类、韵类作了全面的构拟。还有盘承乾的《论苗瑶语的辅音韵尾的演变问题》（1983）、赵春金的《瑶语与汉语的底层关系》等从历史比较的角度讨论了苗瑶语及汉语之间的渊源关系。