《水书》在水族人的社会生活中起着很重要的作用，特别是在丧葬、营建、出行、过节、占卜、农事等活动中发挥着一种指导规范的作用。在《水书》的规范之下，形成了一套以阴阳五行思想为核心的思想体系。与鬼神体系类似，《水书》既具有作为行为规范的道德功能；同时又体现了水家人认识世界的某种方式，具有充当认识规范和认识框架的认识功能。这里主要讨论其认识方面的意义，并称之为“水书阴阳五行认识体系”。

概言之，水家人把传统的阴阳五行及其相关的思想加以继承、充实和发展，并通过与其他民族文化的交流、融合，形成了具有水族自己特点的阴阳五行观，并以水文字把这一思想记录下来（并结合水族的鬼神观部分内容），形成了水族的典籍《水书》。在《水书》的规范下，又形成了《水书》阴阳五行的认识结构。可以说，（与鬼神观体系相似）《水书》阴阳五行认识体系是水家人企图在复杂多样的事物现象背后，去寻找事物最终的深层次原因，以期统一解释整个世界的努力的结果。其基本思想是阴阳观和五行观，根据阴阳五行间的相生相克、相反相承、平衡与不平衡等原理，通过阴阳五行与经验事实之间的对应关系，实现对事物现象的解释、预测和干预。水书阴阳五行认识体系既包含着朴素唯物论和朴素辩证法的思想；又包含着抽象化、形式化、符号化以及映射、变换等科学方法的内容。它与科学认识在结构、形式上有着某种一致性，体现了科学之前的某种原形。因此，我们不能简单地把《水书》及它的阴阳五行思想归为愚昧和迷信，它作为水族文化的重要内容，是有其历史意义的。