元王朝凭借武力征服全国后，对地方政治制度实行改革，将全国划分为若干个行中书省。行中书省下设安抚司或路或州，司、路、州下辖州或县。瑶族分布区大多在湖广行中书省境内。为了更好地对少数民族实行统治，元朝还在西南少数民族地区设立巡检司，其中为遏制瑶民在瑶区设立了巡检司，《元史•顺帝本纪一》载：“立道州永明县白面圩，江华县涛圩巡检司各一，以镇遏徭贼。”光绪《新宁县志•兵事志》载：“（新宁）元设巡检司二，曰新寨，以镇压八洞徭人。曰靖住，以稽察东北强盗贼。”又设安抚司，《元史•文宗本纪四》载：“新添安抚司壅河寨主诉他部徭僚蹂其禾民饥，命湖广行省发钞二千锭市米赈之。”推行土司制度，用以取代宋代的羁縻州制。