东晋明帝以后，历经宋、齐、梁、陈，南朝诸帝皆敬信佛法，尤以梁武帝佞佛最甚。他曾宣布舍道事佛，四次舍身佛寺，使佛教在南朝盛极一时，有“天下户口，几亡其半”（郭祖深语）之说。北方诸少数民族政权大都扶持佛教。云岗、龙门石窟为北魏开凿。北齐文宣帝诏书中称“缁衣之众，参半于平俗”，佛教的兴旺不下于南方。中国僧人不断西行求法，最著名者为晋宋之际的法显，亲抵天竺，著有《佛国记》。天竺及西域僧人则东来传法，名僧有佛图澄、鸠摩罗什、佛驮跋陀罗、真谛、菩提达摩等。鸠摩罗什是龟兹名僧，他在后秦译出《般若》、《法华》、《中论》、《百论》、《十二门论》等经论七十四部，系统介绍了印度佛教大乘空宗学说。菩提达摩于北魏时住嵩山少林寺，被视为中国禅宗初祖。中国名僧有道安、支遁、僧肇、慧远、道生等人，他们致力于印度佛教与中国传统思想的融合，在佛教中国化进程中起过重要作用。