科学与宗教在本质上的区别与对立，必然导致二者在历史发展过程中的冲突和斗争。《科学史》一书的作者丹皮尔说得好：“科学并不是在一片广阔而有益于健康的草原——愚昧的草原——上发芽成长的，而是在一片有害的丛林——巫术和迷信的丛林——中发芽成长的，这片丛林一再地对知识的幼芽加以摧残，不让它成长。”丹皮尔这里所说的危害科学知识成长的“巫术和迷信”，实际就是一般意义的宗教，因为巫术不过是宗教的一种行为表现，而迷信也就是宗教信仰主义和蒙昧主义。科学知识要想得到发展，就必须同宗教的危害作斗争。事情很明显，只有剥去传统宗教裹在自然对象身上那件超自然的神秘外衣，自然对象才能在科学家面前展现其本来面目，成为科学研究的对象；只有斩伐有害的丛林，才能开辟出一条通向科学真理的大道。