尽管如此，国王与祭司贵族也时常发生冲突。巴比伦和亚述历史上出现过的许多重大政治事件（如阴谋篡位、朝代更替，私通外国等等），多半是祭司集团与君主政权之间勾心斗角的结果。亚述国王森纳切里布曾与巴比伦祭司们发生过一次激烈的争吵和冲突。他于公元前691年彻底摧毁巴比伦城的圣地，把贝尔一马尔都克的神像迁到了亚述，以此打击巴比伦祭司贵族的权力和权威。他后来被他的一个儿子所杀。他的另一个儿子继位以后，可能震慑于马尔都克神的愤怒和巴比伦祭司的报复，终于决定把马尔都克神像送还巴比伦，并重建神庙，国王与神于是重修旧好。迦勒底人统治巴比伦帝国时，国王那波尼德曾发动过一次企图统一全国宗教信仰的宗教革新运动。他把各地信奉的地方神集中到巴比伦的贝尔—马尔都克神庙。可能是因为事情进行得过于仓促，不仅激起其他地方祭司们的反对，而且也引起了巴比伦祭司贵族们的猜疑。他们与虎视耽耽的波斯人勾结起来，引进了居鲁士大帝的军队，那波尼德成了阶下囚。居鲁士按照巴比伦各地祭司的意愿，把各个地方神送回他们原来的神庙。他自己则因此而得到贝尔—马尔都克神的“保佑”和巴比伦各祭司的支持，在巴比伦建立了波斯人的帝国统治。这些历史的插曲生动地说明了祭司集团在古代政治生活中居于举足轻重的地位。