天完红巾军将领多为白莲教徒，军中设经师，念经书，念佛烧香。这种宗教狂热在短期内起过鼓动群众的作用，但却不能提供现实的斗争手段，反而模糊了斗争目标。另外，白莲教在传播中派系林立，彼此排斥，“诸党并炽，是非蜂起”，不同教派势力不但未能协同作战，反而互相牵制和兼并，导致失败。