清政府未统一台湾前，对海上贸易管理十分严格。为封锁郑成功与大陆的联系，对东南沿海的海上贸易严加控制，禁止东南沿海一带商民出海贸易。顺治十八年（1661），清政府颁布了迁界令，禁止一切船舶出海（只有少量商船在官方默许下可以非公开地出海），也不允许西方商船进出东南沿海各港口。对外贸易口岸只有澳门等几处远离东南沿海的港口。