佛教在阿育王支持下的大发展还带来了其他方面的新问题，由于佛教僧众享受到王室的优待和供养，其他宗教的信徒便纷纷改宗佛教。其中当然不乏真心改宗者，但很大一部分人主要是生活所迫，他们必然会把本非佛教的外道思想带进佛教之中。不管阿育王本人如何热心于统一佛教信仰，但客观的趋势却总是使之更深的分裂。各派佛教围绕一系列重要的教义问题（如宇宙是实有、还是假有？有我，还是无我？有神，还是无神？……等等）展开了激烈的论争。