清代，瑶族地区的教育得到了进一步的发展。除明代原有的各府、州、县学和社学大多得到保留外，清王朝还规定：“社学，乡置一区。择文行优者充社师，免其差徭，量给廪饩。凡近乡子弟，十二岁以上令人学。”对一些停办的社学，重新恢复。如顺治十四年（1657年），“复设广东雷、连各徭峒社学一所，教读一名。”不少州、县，大兴办学之风。如广西容县，“社学，城乡共五十所”。怀集县（今属广东），共有“社学十所”。由于各地经济文化发展不平衡，所以，瑶区的社学发展也大不相同，经济文化发展较快的地方，社学兴办较多，反之则少。怀远县（今三江侗族自治县），仅有社学一所，“在古宜甲”。恭城，也仅一所，“在北乡常家村”。特别是义学兴办后，各地社学数量日减，尤其是嘉庆、道光之后，不仅新建社学很少，而且原有的社学有的还被义学所取代。如怀集县原有社学十所，康熙二十八年（1689年）全部改为义学。平东原有社学二，“一在西门外塔街，一在府儒学左，俱废。”

清代瑶族地区的教育虽有较大的发展，但发展很不平衡。在湘、桂、粤边界和靠近汉地的瑶族地区，由于历史上开发得早，经济较发达，教育发展较快，读书的人多，“徭童”、“徭生”、“中乡试者”、“读书知礼”者较多，“读书明理援例报捐者”亦有之，甚至有人“捐赀入仕籍”，官至知县。但对居住在山上的大部分瑶族来说，清王朝所采取的这些办学措施并未起到多大的作用。如乾隆三十六年（1771年），清王朝曾议准湖南衡、永、宝、辰、靖等府州县所属瑶童，于正额外，向例另编字号，各取一二名。雍正三年（1725年），因考生人多，录取名额太少，又将名额定为3名。但在永州府所属境内，宁远县每年有瑶族生童100余人参加考试，而东安、永明二县每年仅有瑶童数人参加考试，参考人数悬殊，最后，清王朝将东安、永明二县瑶童“进额”各从3名减到1名。雍正十三年（1735年），清王朝曾议准“粤东凡有黎、徭之州县，悉照连州一体多设官学，饬令管理厅员督同州县于内地生员内，选择品行端方能晓语言者为师，给以廪饩，听黎、徭子弟之俊秀者入学读书，训以官音，教以礼义，学以文字”。但到两广总督硕色上任后，发现这一办学措施并未得到很好的实施，于是便和广东巡抚岳浚会奏：“广东连、韶、琼等处，先后曾设徭、黎各学，每年动支公费给馆师修脯。今査各处因无徭童从学，久废。惟韶郡之乳源一处尚存，就学者亦无徭人子弟”,于是只好裁去。广西平乐，“该徭民迭遭兵燹，户口凋零，应试寥寥，取进不能如额。”故时人评价：“徭人就学者少，间有一二应试，举止朴鲁，文亦如之。”教育的总体发展水平远远低于汉族地区。历代封建统治阶级的民族压迫、民族歧视所造成的民族心理隔阂、语言、风俗习惯的差异，经济文化的落后，交通不便和刀耕火种的频繁迁徙，是山区瑶族教育发展滞后的重要原因。