水族地区土司机构最著名的有荔波蒙、皮、雷三姓土司、烂土土司和都江甲找白土司。在水族地区，荔波建置出现比较早。早在唐朝贞观三年（629年），就设置婆览县（今贵州三都恒丰，原属荔波），玄宗开元元年至天宝三年（713-744年）在今天荔波县境内设置劳州和莪州。到宋代，于开宝三年（970年）设荔波州，隶广西庆远府。宋亡元立，传说落波被蒙、皮、雷三姓土司割据。元代在荔波设蒙、皮、雷三姓土司，这是目前所知的水族地区最早实施土司制度的地方。

从元朝至清雍正年间，封建王朝在水族地区普遍设置土司机构。元朝建立后，在少数民族地区除普遍设立土府、土州、土县等机构外，还设置宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、长官司等土司机构以加强统治。为加强对各级土司的管理，元朝政府在土司的任免承袭、纳贡应征等方面都作了严格的规定，使土司制度趋于完备，为明清继续推行土司制度打下基础。水族地区土司制度与唐宋时期的羁縻政策相比较，尽管本质都是“以蛮制蛮”，但在土司制度下，地方与中央的关系已发生变化，而且集中表现在中央对地方的控制明显加强。

元朝在水族地区设置的土司机构主要有：世祖至元十三年（1276年）设庆远安抚司和南丹安抚司。至元二十年（1283年）设都云定云安抚司。至元二十八年（1291年）设定云府，改陈洞为陈蒙州。次年，改陈蒙烂土军民安抚司。大德元年（1297年）并庆远安抚司和南丹安抚司为庆远南丹溪洞等处军民安抚司，领南丹、东兰、那地四州，宜山、忻城、天河、河池、思恩、荔波六县。后荔波为蒙、皮、雷三姓土司割据。明朝在水族地区设置的土司机构主要有：洪武元年（1368年）灭荔波蒙、皮、雷三姓土司，以其地并入广西庆远府思恩县。洪武十七年（1384年），又恢复荔波县建置。洪武二十四年（1391年）授张均合江州陈蒙烂土长官司，授蒙闻九名九姓独山长官司。弘治七年（1494年）设都匀府，下领麻哈、独山二州及都匀、邦水等长官司三。撤荔波县易十六緈为十六里。置方村、蒙村、穷来村三巡检司，属广西河池州。清初基本承袭明代在水族地区设置的土司机构，计有都匀长官司、邦水长官司、丰宁上司长官司、丰宁下司长官司、烂土长官司等。雍正年间实施大规模的“改土归流”，水族地区土司机构基本废除，标志着历元明以运清初在水族地区持续四百余年的土司制度宣告灭亡。