清军入关之后，统治水族聚居区的都匀府、独山州和荔波县等各级清朝官吏，畏惧水族人民仍然像明代乜富架、重恶龙和韦翁同、韦万良的反抗斗争再起，更加紧了对水族人民的钳制。结果适得其反，顺治年间，又爆发了雷天堡领导九阡水族人民攻破荔波县城的斗争。于是，清朝政府相继在都江设立通判，在三脚屯建立州同，迁荔波县城到蒙石里并砌筑石城，改筑都江厅的土城墙为石城墙，并在各要道口设立营汛屯兵防范。接着，先后出兵镇压独山水岩、都江来牛河、三合姑乎，荔波三洞、九阡、莪蒲等地水族人民。仅乾隆年间，贵州巡抚张广泗檄委都匀知府孙绍武镇压荔波县起义人民，勒缴的枪支、刀剑、弓弩、梭镖各有万余件。