植物染色的工序更加复杂。不同的植物种类，不同的提炼方法，不同的染色加工程序，不同的染色温度和时间等因索，可以染出多色多彩的丝线。在民间云锦业中，原材料加工染色是一个独立的行业。由于染色的复杂性，一个染坊只能专长于某色系的染色，如江宁染坊“染玄色以溧水人为佳，绿口人次之”，“天青染房高淳人居多，溧水人次之”。