1696年（康熙三十五年），台湾藤牌军还跟随康熙皇帝出征，讨伐沙俄侵略者的走狗噶尔丹的叛乱，在克鲁伦河追击战和昭莫多包围战中大败叛军。战后，台湾藤牌兵就留在黑龙江从事拓垦活动，为黑龙江的开发和建设作出了积极的贡献。

清统一台湾后，台湾藤牌军奉调远征黑龙江，抗击沙俄侵略者，在历史上著名的“雅克萨之战”中立下大功：1687年（清康熙二十六年），在这次战役的最后一次战斗中，台湾藤牌军奉命渡河攻击俄军据点。他们入水而伏，顺流而进，俄军弹如飞蝗，但不能中。俄国侵略者从未见过这种“新式武器”，一时军心大乱，台湾藤牌兵趁势跃上河岸，一阵猛杀乱砍，攻陷敌阵，连俄军头目额里克舍也被活捉。一时间，中国“大帽军”（俄国人对藤牌军的称呼）威震中外，传为神奇之谈。