第一，理顺了族源的主体成分和次要成分的关系。《瑶族通史》实事求是地分析了瑶族族源问题，分为主体成分和次要来源。确认瑶族源于古代的九黎和三苗，是从九黎部落集团和其后的三苗部落集团的一个分支发展而来，而构成这个主体成分的是盘瑶系统的各支系和布努瑶系统各支系的瑶族。瑶族的次要来源主要是其他民族自然融合而来。在历史发展长河中，部分汉族和壮侗语族群的民族在与瑶族的频繁交往过程中融合而成为瑶族。同时，还理顺了瑶族、苗族和畲族的近亲关系。在这项工作中广西瑶学学会作出了贡献，他们与上海复旦大学现代人类学研究中心合作，在瑶族地区进行瑶族人群DNA抽样调查，进行基因分型，对苗族和瑶族与其他民族人群Y染色体进行比较分析研究，确认瑶族、苗族、畲族是同源异流。这在民族渊源关系上是一项为数不多的分子生物学和遗传学的重要科研成果，增强了《瑶族通史》的科学性。