元代中西交通大开，航运日益频繁，作为海上交通要冲的澎、台，愈加受到大陆封建政权的重视。公元1290年（元世祖至元二十七年）前后，元政府在澎湖设“巡检司”，管辖澎湖、台湾等岛屿，隶属于泉州路的同安县。这是大陆封建政权第一次在澎湖地区建立行政机构。至元中，定居澎湖的汉人已有200户，大德元年有1600余居民，“巨细相间，坡垅相望”（汪大渊：《岛夷志略》），每年到泉州从事贸易的商船达数十艘。